Um das Jahr 1535 wandte "sich die ganze Gemeinde Affaltrach dem Lichte der Reformation" zu. Der Reformator dürfte Erhard Schnepf (1495 - 1551) aus Weinsberg gewesen sein, der auch in Löwenstein die Reformation eingeführt hatte. Nicht eindeutig klären lässt sich die Frage, ob die ganze Gemeinde oder nur der größere Teil der Einwohner den neuen Glauben angenommen hatte. Die ersten Eintragungen in den Kirchenbüchern datieren aus dem Jahr 1551. Als erster evangelischer Pfarrer wird Georg Trautmann (1551 - 1575) genannt. Das Patronatsrecht  (Pfarrbesetzungsrecht) blieb trotz der Reformation bei dem landesherrschaftlichen (katholischen) Johanniterorden. Der letzte Ordenskomtur von Affaltrach, Freiherr Truchsess von Rheinfelden, blieb bis zu seiner Pensionierung im Jahr 1809 Patrimonialherr. Zur Pfarrei Affaltrach gehörte als sog. "Filial" von Alters her die Ortschaft Eichelberg. 1906 wurde das Patronatsrecht der Herren von Weiler über die Pfarrei Weiler aufgelöst. Im Zuge dessen kam Weiler als Filial zum Pfarramt  Affaltrach. 1988 wurde Weiler zusammen mit Eichelberg von der Pfarrei Affaltrach abgetrennt und bildet seither wieder eine eigene Kirchengemeinde. Jetzt - im Jahre 2023 - gehört die Evangelische Pfarrei Affaltrach zur "Evangelischen Verbundkirchengemeinde Obersulm See, Affaltrach - Eschenau - Weiler - Eichelberg".

Das Patronatsrecht der Johanniter war auch mit Pflichten verbunden. Dazu gehörte die bauliche Unterhaltung des Pfarrhauses. Im Jahr 1754 wurde unter dem Komtur Graf von Fugger das "ärmliche evangelische Pfarrhaus" abgerissen und an der gleichen Stelle ein neues Pfarrhaus erbaut. Es dürfte schon fertiggestellt gewesen sein, als 1758 mit Ignatius von Bodmann ein neuer Komtur im Ort aufzog. Das Lagerbuch der Kommende beschreibt das Gebäude : "....es hat schöne geräumige Zimmer und einen gewölbten Keller wenigstens zu 80 Fuder Wein (rund 60000 Liter in Holzfässern,  1 "Heilbronner" Fuder = ca. 750 Liter), einen geschlossenen Hof und daran eine Scheune nebst Vieh Stallungen". 

Das Pfarrhaus hat zwei Stockwerke sowie ein Dachgeschoss. Über dem großen gewölbten Keller ist das aus Sandstein gebaute Erdgeschoss als Hochparterre ausgestaltet. Über eine zweiseitige Außentreppe auf der Südseite des Gebäudes gelangt man zur Eingangstüre, deren Sandsteinleibung mit Ornamenten versehen ist. Die Westseite des Gebäudes wirkt auf Grund des abfallenden Geländes beinahe dreistöckig. Die Bauweise des ersten Stockwerks und des Dachgeschosses ist ein sog. Konstruktionsfachwerk, das allerdings auch Zierelemente wie Andeaskreuze und Rauten enthält. Ein Krüppelwalmdach mit vorgebauten Dachgauben überspannt das gesamte Gebäude von Ost nach West.

Das verhüllte Pfarrhaus

Mit dem Ende der Johanniterherrschaft über Affaltrach im Jahr 1806 ging die sog. "Baulast" für das Evangelische Pfarrhaus Affaltrach auf das Königreich Württemberg über. Noch heute ist die Bauverwaltung des Landes Baden-Württemberg dafür zuständig, dass das Gebäude in gutem baulichen Zustand bleibt. Doch immer wieder klagen Kirchengemeinden, bei denen die Baulast für ihre Pfarrhäuser beim Staat liegt, über oft wenig Verständnis und Entgegenkommen bei manchen wirklich begründeten Anliegen.

Ein Beispiel aus dem Jahr 1911. Mit einem großen Fest feierte die Sulmwasserversorgungsgruppe am 4. November 1911 die Einweihung der neuen überörtlichen Wasserversorgung. Unter Anwesenheit des damaligen königlichen Innenministers Herr von Pischek und vieler weiterer prominenter Gäste führte eine Besichtigungsfahrt zu den neuen Wasserbehältern und Versorgungsanlagen in den einzelnen Gemeinden. Die Presse berichtete darüber (Auszug):

" ... In gehobener Stimmung ging die Fahrt nach Affaltrach und gut war´s, dass die Stimmung um einige Atmosphären gehoben war, sonst wären die Gemüter dem Anblick, der in Affaltrach auf sie wartete, nicht gewachsen gewesen. Denn ein gar wehmütiger Anblick war es, als am Eingang des Ortes die düsteren Gestalten von drei Brunnenstöcken - einer invalidierten Wasserversorgung alten Stils - sich aufrichteten, und ihr Trauergewand enger um sich zogen. Über dem Tannenhain, der über Nacht auf dem Rathausplatz gewachsen war und in welchem zwei Springbrunnen fröhlich plätscherten, über dem Anblick der fast vollzählig versammelten Einwohnerschaft, der markigen Ansprache von Schultheiß Krämer und den hell erklingenden Liedern der Schuljugend hätte man den traurigen Eindruck (der alten Brunnenstöcke) vergessen können, wenn nicht wallender Trauerflor von Neuem die Blicke auf sich gezogen hätte. Schwarze Bänder, die von Flagge, Girlanden und Kränzen des Nachbarhauses herabhingen, führten darüber herzbewegliche Klage, dass von den 10 Ortschaften der Sulmgruppe die Bewohner dieses Hauses allein verdammt waren, an den Wassern zu sitzen und zu weinen, wenn sie an die Wohltat der Wasserleitung  gedachten. Es war das Evang. Pfarrhaus, das in baulicher Unterhaltung des württembergischen Fiskus steht und keine Wasserleitung  erhalten hat. Auch der Herr Minister versank in tiefes Nachsinnen, und erschüttert von dem unvergesslichen Anblick strebte man Willsbach zu, um dort wieder Aufrichtung zu suchen."

Die Küche im Keller

Auch in der zweiten Hälfte des zwanzigsten Jahrhunderts soll es um die Fürsorge des Staates nicht besonders gut bestellt gewesen sein. So erinnern sich alte Affaltracher Einwohner noch daran, dass es eines Tages um das leibliche Wohl des damaligen Pfarrers Rudi Künzel schlecht bestellt war. Kein Mittagessen kam auf den Tisch. Tatsächlich sollen sich Teile des Küchenbodens gelöst haben und in den darunterliegenden Keller gestürzt sein.